人脸都有相似性和易变形，不一样的人脸差别并不大，所有人的面部的构造都类似，针对运用面部开展精准定位是有益的，可是针对运用面部区别人们个人是不好的。
人脸的外形很不稳定，人可以通过脸部的变化产生很多表情，而在不同观察角度，人脸的视觉图像也会差别很多的，人脸识别还受光照条件(例如白天和夜晚，室内和室外等)、人脸的很多遮盖物(例如口罩、墨镜、头发、胡须等)、年龄等多方面因素的影响。
用户配合度：现有的人脸识别通道系统在用户配合、采集条件比较理想的情况下可以取得令人满意的结果。但在用户不配合、采集条件不理想的情况下，人脸识别通道识别率将陡然下降。人脸比对时，与系统中存储的人脸图像有出入，例如剃了胡子、换了发型、多了眼镜、变了表情或者光照都有可能引起比对失败。人如果发生较大变化，系统可能就会认证失败。
以上就是人脸识别系统在应用过程中存在的一些问题，人脸识别系统的困难主要是人脸作为生物特征的特点所带来的。
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